Sau Hiệp định Genève 20 tháng 7 năm 1954, việc huấn luyện do Phòng Quân huấn thuộc Bộ Tổng Tham mưu đảm trách tổ chức lại cho phù hợp với hiện tình Quân đội.

Các Quân trường và Trung tâm huấn luyện hoạt động đặt nặng vào hai lĩnh vực:

Bộ Tổng tham mưu rút tỉa kinh nghiệm, quan niệm một Quân nhân có thể chiến đấu giỏi nếu họ được huấn luyện đầy đủ và có một tinh thần Kỷ luật cao.

Hệ thống tổ chức Quân lực Việt Nam Cộng hòa mỗi ngày thêm lớn mạnh nên việc huấn luyện đòi hỏi cần phải cải tiến rộng lớn. Năm 1964, Tổng cục Quân huấn được thành lập để thay thế Phòng Quân huấn tại Bộ Tổng Tham mưu.

Từ đó, việc huấn luyện được chú trọng nhiều hơn trong việc đào tạo Sĩ quan hiện dịch, Trừ bị, Hạ sĩ quan và Binh sĩ cho các Quân, Binh chủng cùng huấn luyện đặc biệt về các lãnh vực: tham mưu, kỹ thuật và chuyên môn cho Quân nhân trong Quân lực.

Ngoại trừ Trường Cao đẳng Quốc phòng trực thuộc Bộ Quốc phòng. Còn lại các Quân trường và Trung tâm Huấn luyện đều đặt dưới sự điều hành và giám sát của Tổng cục Quân huấn thuộc Bộ Tổng tham mưu và nhiều Quân trường, Trung tâm Huấn luyện cấp Sư đoàn, các Quân, Binh chủng chuyên môn.